Tugas pokok dari UPTD Balai Benih Ikan adalah melaksanakan sebagian tugas Dinas dalam penyediaan induk dan benih ikan unggul serta pemasaran ikan untuk pembudidayaan ikan bagi masyarakat petani ikan.

Balai Benih Ikan (BBI) yang dimiliki ada dua yaitu BBI Siwarak dan BBI Kebowan. BBI Siwarak berlokasi di Desa Nyatnyono Kecamatan Ungaran Barat dengan luas ± 2,2 Ha sedangkan BBI Kebowan di Desa Kebowan Kecamatan Suruh seluas kurang lebih 2 ,1 Ha. Kegiatan BBI selain memproduksi benih ikan konsumsi seperti : Nila, Karper, dan Lele juga dikembangkan beberapa jenis ikan hias.